Não é burrice nenhuma!
O GPS debaixo de água, em imersão profunda, não funciona e não existem cartas de correntes. Existem cartas mais pormenorizadas de algumas zonas como por exemplo do estreito de Gibraltar, mas são todas classificadas.
Antes do GPS existiam sistemas como o Decca ou o Lauren C. Antes disso tínhamos a navegação astronómica (que ainda hoje se usa). Bem como a transmissão do sinal horário em HF.
Antes de continuar, imersão profunda é toda a profundidade para baixo da profundidade em que se consegue fazer uso do periscópio (cota periscópica).
Em imersão profunda faz-se navegação de 3 maneiras. Passo a explicar:

Navegação por estima, ao passarmos a navegar em imersão profunda faz-se a última leitura de uma posição conhecida (GPS, Azimutes, radar, etc...) como sendo a posição de referência. A partir deste momento todos os cálculos são feitos pela mesa de registo que recebe informação do rumo e da velocidade do submarino. Assim com a passagem do tempo temos um circulo de erro associado ao submarino. Este circulo vai aumentando com a passagem do tempo e as milhas percorridas.

Navegação inercial, é em tudo idêntico ao anterior mas desta vez com um sistema inercial em vez do sistema de rodas dentadas das velhas mesas de registo.
No que diz respeito à corrente, que ainda não expliquei pode ser calculada através da velocidade que nós sabemos que o submarino faz para determinado regime de motores. Se não tivermos a hipótese de usar o periscópio ou o GPS nunca temos um valor real da corrente, mas temos sempre um valor aproximado.
É por isto que navegação submarina não é uma ciência tão exacta como a navegação à superfície.
Assim se compreender a aventura que é passar em imersão um estreito ou a foz de um rio, com todas as correntes e diferenças de salinidade a influenciar a manobra da plataforma.