Olá vitorh!
Olha em termos de pé plano, para a especialidade que queres não é factor eliminatório.
Como podes ver nesta tabela
http://www.exercito.pt/recrutamento/tab ... ao1999.pdf está classificado como AJ para oficiais da Força Aérea excepto os que estão na Tabela Geral A (pilotos aviadores, pilotos, navegadores, técnicos de operação de circulação aérea e radar de tráfego, técnicos de operação de detecção e conduta de intercepção) eles irão analisar o teu caso e ver se podes ou não. Portanto nesse caso não desistas! Se de facto nunca te impediu de praticares desporto, então pode ser que não te chumbem por isso.
Quanto à questão do problema no peito é que não faço ideia. Se souberes o nome específico procura nessa tabela, porque sem saber o que é realmente, não te consigo ajudar sequer um bocado.
No fundo eu acho que se é mesmo isto que se quer, nunca se deve desistir. A menos que seja só por "passatempo por falta de outro emprego", acho que vale a pena ir lá e ver o que nos dizem. Eu pelo menos também tenho um "se", mas não desisto. Sei que a incorporação é só em Junho mas continuo com esperança.