Pois não sabemos, por isto uma afirmação destas, numa publicação do ramo é algo a ter em conta, é um indício, uma dica..
Que publicação do ramo?
A "versão APC e IFV fazem praticamente o mesmo em termos de transporte de pessoal" é verdade, mas em termos de poder de fogo e função no campo de batalha, não fazem o mesmo papel. A minha interpretação do termo APC neste caso, usado no artigo, é esta: são a versões de apoio do BI e não APCs em si para equipar as sec. atiradores mec. Posso estar errado, mas para quê usar ambos os termos no artigo se não há diferença (como dizes) no sentido entendido pelo autor? Podiam usar apenas VCI ou IFV se assim fosse. Porquê ambos os termos?
Então na tua interpretação, o termo APC teve uma razão de ser mencionado.
Mas na verdade o APC não representa a versão APC, mas sim as outras?

A utilização dos termos IFV/APC, podem simplesmente indiciar que a versão IFV vai fazer as 2 tarefas. Principalmente quando não fala na compra de "variantes IFV e APC". Mas isto é apenas interpretação do que foi escrito, podes ter razão.
Não faz qualquer sentido comprar 90 IFV Boxer para equipar um BIMec. 90 Boxer RCT30 dá IFVs suficientes para equipar dois BI (faltando as versões de apoio). Já temos 2 BIMec Pandur, duvido que é para criar 2 BIMec Pesados. A Brigada média terá 4 BI Mec? Acho que não.
Com base em quê ao certo? Não existe uma "medida" padronizada para a dimensão de um BIMec. Uns países com mais viaturas, outros com menos.
Se o Boxer RCT30 vier com ATGM, então vai absorver funções de APC, de IFV e ACar com uma só plataforma.
Cada Boxer RCT30 transporta 6/7 militares, que multiplicado por 90 viaturas dá 540-630.
Cada M-113 tipicamente transporta 11, ou seja para transportar um numero equivalente de militares, precisas entre 49 e 57 viaturas.
Cada Pandur APC transportar até 12, ou seja, com 105 APC consegues transportar 1260 soldados - isto sem contar com as 7 RWS e os 30 IFV.
Isto para dizer que precisas de uns 90 Boxer RCT30 num BIMec, para transportar o mesmo volume de infantaria que transportavas com 40-60 M-113 ou Pandur II.
Não estou a dizer que vai ser assim, mas estou a dizer que o número de 90 Boxer IFV, pode ser muito se contarmos o número de veículos, mas pode ser o certo se contarmos a quantidade de soldados que pretendes transportar em cada BIMec.
E nós não sabemos como vai ficar o ERec da Brigada Média, como vai ficar o GCC, etc.
A compra até pode incluir outras versões. Ou pode não incluir nenhuma, ou pode incluir só mais 1 ou 2 variantes (ex. VSHORAD e PM).
Podemos ver este BIMec de 90 Boxer IFV simplesmente apoiado por variantes do M-113 ainda em uso.
Não sabemos.
Parece-me é prematuro dizer coisas como "o mais provável", quando até agora nada indica qual vai ser a composição inicial da frota. Apenas sabemos que o powerpoint do EP, trata este batalhão Boxer como Batalhão (-).