Si no me equivoco, se iza una bandera del país en cuyas aguas se navega, y eso significa que se atiene a las leyes marítimas del país en cuestión.
Esta bandera será de menor tamaño que la nacional, pero se situará mais elevada.
En el caso de la F104, por ejemplo, al estar en aguas portuguesas, se iza a sua bandera, y se acatan las leyes do mar de Portugal.