Faz tanto sentido como um oficial general e uma publicação da defesa confundirem IFV e APC. Se fosse a CNN ou SIC ou um jornal qualquer talvez...
A barreira linguística é mais que suficiente para se confundir siglas. Dada a falta de outras notícias acerca do assunto, provavelmente foi uma conversa verbal.
Pois pode ser uma ou outra a intenção do general e jornalista. Ambos fazerem o mesmo erro/ lapso é o menos provável acho eu.. O tempo dirá quem tem razão.
O segundo artigo parece ampliar o erro, ou confirma a minha tese. Comprarmos APC e IFV ao mesmo tempo não faz muito sentido. Os Pel.At. Mec terão 1 APC e 3 IFV? ou 2 IFV e 2 APC? Acho muito improvável. Talvez a viatura do comando do Pel. At. Mec seja um APC e as 3 restantes IFV? Só mesmo para poupar uns tostões? Parece cosia plausível cá no burgo. 
Mas não há "ambos" neste caso. O erro pode ter sido do General, e o jornalista apenas colocou na notícia. O erro pode ter sido do jornalista, e o General não ter dito aquilo.
Agora o que não faz sentido nenhum, é usar o termo APC para representar as restantes versões. Quanto muito o termo AFV, este sim um termo mais genérico.
Ou podia simplesmente dizer "IFV and support variants".
O segundo artigo parece ser uma cópia do primeiro, e adiciona o dado dos 15M/veículo, que é o valor que aparece numa pesquisa Google.
Se for uma cópia do artigo original, com uma suposição do valor, não tem valor para o debate.
Se for um artigo com fundo de verdade, então sabe o valor e as 2 variantes em causa.
Ter um BIMec equipado exclusivamente com 90 Boxer na versão RCT30 também é improvável, e coisa inédita na NATO. Mas o preço unitário a ser igual `a compra alemã e holandesa confirmaria a tua tese, mas estes países estão a comprar a versão mais cara do RCT30, Schakal, €4,5MM por 222 boxer são €20M por viatura, um pouco mais caro.
Esse artigo ainda diz isto:
Furthermore, it covers optional additional services such as protection against anti-tank hand weapons, firing attack detection and firing attack identification as well as drone defence.
Não sei se isto implica sistemas Trophy ou não, nem o que vai fazer defesa contra drones. Mas certamente que isto aumenta o preço face aos 15M por viatura.
Se vierem 14 na versão Schakal para o ERec seria ideal.
Teremos que aguardar, é só. Eu prefiro que todos os Boxer para as Sec. At. Mec. sejam RCT30, claro.
Sendo mesmo 90 Boxer RCT30, só pode ser para equipar 2 BIMec, 2 com 45 Boxer cada, completando-se as versões de apoio mais tarde e usando Pandur até lá.
Não existe nenhum indicativo de que vamos ter 2 BIMec Boxer. Teria que ser uma mudança de última hora do Exército para a Brigada Média, porque até agora só mencionavam 1 Batalhão Boxer (-).
Não vejo problema nenhum que:
-face à menor capacidade de transporte de pessoal dos Boxer IFV face aos M-113/Pandur APC;
-face à capacidade ACar destas viaturas se equipadas com Spike;
-por serem numa versão IFV mais adequada à missão de reconhecimento;
-juntando o aumento do grau de conforto destas viaturas e à necessidade de descaracterizar as viaturas de comando.
Uns hipotéticos 90 Boxer RCT30 absorvessem 3 ou 4 missões que outrora teriam versões dedicadas - APC, IFV, ACar e PC.
Também não acharia estranho a tal ideia de ter os 90 RCT30 dividido entre BIMec, ERec e AgrMec com Leopard.
Também não me surpreendia que dos 90 Boxer, viessem 45/50 RCT30, e os restantes nas variantes de apoio... mas neste caso lá está, não se percebe o porquê da menção ao APC no artigo.