De uma forma generalizada, a resolução de quase todos os problemas/lacunas das FA, é relativamente simples.

Duas baterias de longo alcance para o continente seriam o ideal, mas pouco realistas. O nosso problema, é que precisamos de investir em literalmente todas as camadas de defesa aérea: canhões modernos - maior stock de MANPADS e radares leves "portáteis" - sistema SHORAD em veículos - sistema de médio alcance - sistema de longo alcance (e isto sem contar com o investimento necessário nestas capacidades em navios e aeronaves).
Já me dava por contente se chegássemos aos de médio alcance como o NASAMS, com um número de baterias minimamente decente.
Na Madeira um NASAMS não servia de pré-aviso para Porto Santo, se a ameaça viesse da direcção oposta ao Funchal. E dado que a infraestrutura da FAP está no aeroporto de Porto Santo, era capaz de fazer mais sentido ter lá o NASAMS para a defender, e permitir que caças lá destacados consigam descolar e proteger todo o arquipélago. (Isto no papel claro)
Nos Açores, são demasiadas ilhas e demasiado distantes umas das outras, para conseguir meter uma bateria de médio ou longo alcance em cada ilha/cada grupo de ilhas. O mais prático seria ter um grupo central (de ilhas) reforçado com NASAMS ou equivalente (BA das Lajes possivelmente) e depois ter caças a operar a partir daqui para defender todo o arquipélago. Nos grupos externos, a prioridade seria ter forças móveis com SHORAD/MANPADS e radares de aviso antecipado, para detectar ameaças para os F-16.
-Navios seriam uma alternativa, mas era preciso a Marinha ter mais navios com este tipo de capacidade, e não apenas 4 ou 5 fragatas.
-Aeronaves de aviso aéreo antecipado (tripuladas ou não) é que seria ouro sobre azul nos arquipélagos, mas ainda mais impossível que tudo o resto acima falado.
Em qualquer um dos casos, e em qualquer parte do território, parece-me que o mínimo dos mínimos seria garantir a defesa das bases aéreas de onde operariam os caças, e estes depois cobrirem o resto do território. Infelizmente nem isso temos.