Os F16 que patrulham o território continental português diariamente fazem-no para quê?
Na verdade isso são quase todos voos de treino.

Prevenir ameaças espanholas ou marroquinas?
Mas em missões reais são para qualquer que seja a ameaça, até podem ser bombardeiros russos ou marcianos.
Ou maioritariamente (no mínimo) para interceptar aeronaves civis por falhas de comunicação, por exemplo?
É só "transcrever" as mesmas funções para as regiões que ainda não estão convenientemente cobertas por essa missão e percebe-se de imediato que não faz sentido o cenário actual.
Lá por ser o que se faz a maior parte do tempo não quer dizer que seja a sua função primária.
Isso nem tem nada a ver com o Sistema de Defesa Aérea da NATO.
https://en.m.wikipedia.org/wiki/NATO_Integrated_Air_Defense_SystemÉ a NAV que pede à Força Aérea para ir ver o que se passa lá em cima, o grande perigo de aeronaves comerciais desgovernadas é que caiam sobre grande centros urbanos e matem ainda mais pessoas no chão, sobre os arquipélagos isso é difícil, provavelmente caiem no oceano.
Como disse no inicio os F-16 não fazem patrulhamento aéreo diariamente, o alerta é feito normalmente estando em alta prontidão no chão, os voos diários que se vêem muitas vezes são treinos.

Como se vê nesta imagem, os F-16 fizeram 171 missões de vigilancia do espaço aéreo em 2022, o que não dá nem 1 missão por dia ao longo do ano, mas os F-16 fazem voos praticamente todos os dias úteis, de manhã e à tarde, mas são de treino.
As saidas reais da parelha de alerta pode ser nos tais casos de aviões civis sem comunicações, as avionetas de droga, ou em providenciar uma protecção aérea activa para cenários de alta visibilidade, como jogos de futebol, visitas do Papa ou outras altas entidades, etc.
Isto não se está sempre em DEFCON 1

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Tempo de paz é uma coisa, tempo de crise, guerra aberta, existem avaliações, niveis de segurança que podem variar, etc.