O Despacho n.º 101/REO de FEV81 do General CEME, mantendo na missão do CIOE a componente de Operações especiais, acrescenta-lhe a componente das Actividades Irregulares, componente esta que foi orientada prioritariamente, através dos Cursos de Operações Irregulares, para a defesa do território nacional com o recurso à resistência. Destinam-se estes últimos cursos à generalidade dos jovens oficiais e sargentos dos quadros permanentes, com o objectivo de criar o embrião que responda ao estabelecido na Lei de Defesa Nacional e das Forças Armadas:
“É dever individual de cada português a passagem à resistência, activa e passiva, nas áreas do território nacional ocupadas por forças estrangeiras.” (Art.º 9º - nº4).
São estas duas áreas, Operações Especiais primeiro e Operações Irregulares posteriormente, as tarefas primárias que vieram definir a missão actual do CIOE, e que doutrinariamente consubstanciam o essencial das Operações Não Convencionais.