A Educ. Física não é considerada prioritária, porque na prática praticamente não conta para a nota na grande maioria dos cursos. Também não ajuda que, mesmo aqueles que gostem de educação física, depressa deixem de gostar quando são obrigados a fazer desportos que não gostam. O melhor incentivo para o desporto passa por permitir que as pessoas escolham algo que gostem. Podia-se até equacionar acabar com a disciplina de EF, e substituir por 3 ou 4 disciplinas de desporto à escolha, por exemplo: desportos colectivos, atletismo, ginástica/dança e fitness (esta última mais focada na perda de peso). Alunos de Desporto teriam que escolher pelo menos 2, no resto dos cursos apenas 1. Mas isto é outro tema.
A questão da higiene não sei se varia de região para a região, mas pelo menos do que vejo, parece-me que os jovens são tipicamente mais "higiénicos" do que gerações anteriores, em parte porque também se preocupam mais com a aparência (o que inclui o cheiro, que se nota bem quando usam grandes quantidades de perfume, que consegues cheirar quase a 50 metros de distância

).
A questão física, é algo que quem realmente quer entrar para as FA resolve facilmente, havendo factores muito mais graves que levam a que as pessoas não ingressem nas FA*. Em alguns casos até, a forma física, ou a forma como fazem flexões, ou se têm barba, ou se têm 1.50m, etc, não tem qualquer relevância (ou não deveria ter). Quando falamos de cibersegurança, eu estou-me pouco borrifando se o Zé consegue fazer 500 abdominais e 300 flexões, interessa-me mais que o gajo seja bom na sua função e ponto. A mesma coisa para mecânicos de Leopard, funções administrativas, e por aí em diante.
Também acho que, pelo menos para algumas especialidades, deveria ser possível alargar a idade limite de ingresso.
*factores como a competitividade e atractividade de outros sectores no mercado de trabalho. Volto a frisar que, com salários baixos e poucos incentivos a ingressar, até trabalhar num McDonalds se torna mais apelativo, onde os ditos jovens conseguem estar mais perto de casa, e ainda conseguem interagir com aquilo que lhes interessa a nível "amoroso". Convinha também ter umas FA que deixassem os seus militares orgulhosos.
Os jovens passam muito tempo agarrados ao computador e telemóvel? Vejam só:
E3 Sentry

SAMP/T

E que tal jogarem com isso? Numas FA modernas, também existem "consolas", computadores, tablets e afins, em plataformas terrestres, navais e aéreas.
Parece-me que a publicitação das opções de emprego nas FA está muito aquém do que era necessário. Dar a entender que as FA não são apenas o "rastejar na lama", havendo funções para todos os gostos e vocações, seria importante. Ter também uma recruta adaptável à vocação para a qual o recruta se pretende candidatar seria preferencial, que acho absurdo alguém cuja vocação é ser mecânico de determinado veículo, não o conseguir ser por chumbar em alguma prova física.
Por falar em mecânica, se calhar em vez de se ter cursos IEFP para encher chouriços, ter um curso de "mecânico militar" para as FA seria interessante.