Contras tecnicamente não há, pois é um melhoramento substancial face ao modelo que possuímos, a um preço bastante acessível e que a própria aeronave têm custos de operação reduzidos. O F-16V também tirou partido de muitas das lições do F-35. Agora face a caças de nova geração, mais concretamente o F-35, as desvantagens são sobretudo contextuais/de missão para missão.
Por exemplo, em espaço aéreo seguro, isto é, sem caças opositores nem defesas anti-aéreas, acabam por fazer os dois praticamente o mesmo, dependendo sobretudo do armamento que tenham. Neste caso, o F-35 carrega mais, mas o F-16 é muito mais barato de operar, logo, mal por mal, compensa mais usar o F-16. Para patrulhamento do nosso espaço aéreo e intercepção de aeronaves civis, o F-16, pelos seus custos e também por ser mais rápido, é superior.
Por outro lado, em espaço aéreo contestado, o F-35 acaba por ter maiores chances de sobreviver, fruto da sua furtividade. E isto aplica-se tanto perante a defesas anti-aéreas, como contra outras aeronaves, como contra navios: se queres atacar antes sequer de ser detectado, o F-35 tem clara vantagem. Em combate BVR (para lá do alcance visual) entre caças, o F-35 tem vantagem, mais uma vez devido à sua furtividade (já dentro do alcance visual, o F-16 é teoricamente melhor, por ser mais manobrável).
Idealmente, terias ambos os tipos de aeronave, pois ambos são bons em cenários específicos. 20 de cada na FAP e ficávamos todos contentes, mas obviamente que dificilmente aconteceria.
Eu francamente nunca entrei naquela conversa de "perdermos o comboio" dos nossos aliados. O F-16 usa praticamente o mesmo armamento que o F-35, e nem todas as missões requerem furtividade, portanto cada meio teria inevitavelmente a sua necessidade. O que faz a diferença para nós, é o peso dissuasivo que o F-35 teria. Mais concretamente, quando Espanha e Marrocos equacionam o F-35, e a Argélia o SU-57, nós ficávamos aqui sozinhos numa desvantagem tremenda face aos nossos vizinhos, não tendo nem a vantagem da qualidade, nem da quantidade. O F-35 pelo menos tentaria equilibrar um pouco a balança. Também de frisar que todos estes países que mencionei, têm poderosas defesas anti-aéreas (ao contrário de nós), por isso nisso o F-35 poderia ser crucial.
Mas lá está, cada caso é um caso. Em tempo de paz o F-16V faz o trabalho. Em guerra convencional, a coisa complica.