Assim não se "violava" a soberania da Guiné.
Que eu saiba até hoje nunca se violou a soberania de nenhum pais para se fazer a retirada de cidadãos portugueses de qualquer pais em crise, sempre foram feitas com a autorização.
Nas operações de evacuação de não-combatentes, há as permissivas (com autorização) e as não permissivas (sem autorização), até percebo que um governo de um pais em guerra civil prefira permitir essas operações no seu território do que não permitir senão vejamos, se permitir essa operação esse governo está a dizer à comunidade internacional que o seu território não foi invadido pois eles autorizaram essa operação, até podem impor condições a como a evacuação pode ser feita como por exemplo, aviões desarmados (tipo C-130), para aeródromos específicos e rotas especificas, tudo fora disso não é permitido e pode concentrar as suas forças militares e de segurança na função de retomar o controlo do pais em vez de ter que atribuir forças a impedir a tal força de evacuação de entrar no seu pais sem autorização e que eles nem fazem ideia de por onde vão entrar, nem para onde, nem com que forças, etc, penso que tem coisas mais importantes com que se preocupar do que impedir alguns navios ou aviões de retirar civis estrangeiros que até querem sair do pais, nem são eles que se estão a rebelar. Do ponto de vista do pais que tem cidadãos para evacuar também é mais fácil pois não está a invadir ninguém já que tem a autorização do governo local para efectuar essa operação, e no terreno as ameaças devem ser só algumas milícias, rebeldes, etc, e não uma força militar convencional.
Se o governo do pais em guerra civil não autorizar a operação, está a lançar os dados, pois com a comunicação social a poder empolgar as noticias, se morrerem muitas pessoas estrangeiras, isso pode provocar uma resposta de força por parte de um pais estrangeiro ou de vários, depois depende é de que países estamos a falar quer de um lado quer do outro, enquanto se os civis estrangeiros forem todos retirados atempadamente, os governos ocidentais vão ficar menos inclinados a intervenções militares, independentemente dos civis (locais) que morram, é ver os casos da Líbia, Síria, Iraque, morre por lá muita gente todos os dias às dezenas e por cá "tenta-se resolver diplomaticamente a questão", mas não há a pressa ou urgência que haveria se fossem pessoas ocidentais a morrer, infelizmente o mundo real é assim.
Isto tudo tem uma lógica, não se vai pedir uma evacuação de cidadãos nacionais porque sim, se o governo local, mesmo em guerra, conseguir controlar a maior parte do pais, é possível que os portugueses até possam sair de lá em voo civil, é mais discreto, na TV não há alarido, etc, só se pede a evacuação por meios militares se não existirem "maneiras normais" para mover as pessoas.
Outra hipotética hipótese seria, um caso que um pais, que por alguma razão não goste dos portugueses que lá vivem e os comece a matar, tipo limpeza étnica.