A questão dos mísseis de cruzeiro com ogivas nucleares, sofreram desde logo com o tratado INF.
Ter bombas nucleares, como a B61, que podem ser lançadas por caças, é uma solução "low cost" (dada a inexistência dos mísseis abrangidos pelo INF), quando comparado com mísseis de cruzeiro lançados do ar, ou submarinos com ICBMs. Low cost, porque os caças já existem nas respectivas forças aéreas, e sendo as bombas relativamente simples, não fazem grande mossa no orçamento.
No caso da Alemanha, creio que a compra de um novo caça para poder lançar as ditas bombas, se prende pela não-certificação do Typhoon para essa missão, e então precisavam de outra aeronave. Escolhendo o F-35, até ganham uma capacidade de penetração das defesas do inimigo que até então não tinham.
Porquê bombas? Talvez haja ainda outra razão: a não proliferação de armas nucleares estratégicas por países "não nucleares", como o são a Bélgica, Holanda e Alemanha. Os franceses por outro lado, têm um míssil de cruzeiro para lançar ogivas nucleares, tal como os americanos entre o ALCM ou o Tomahawk.