Ambas são forças interessantes, não pertenco a nenhuma mas para mim as vantagens/desvantagens de cada uma são:
Localização: o CTOE fica em Lamego, no norte e os Fuzileiros ficam em Almada, na região de Lisboa.
Ambiente de actuação: o CTOE opera mais em ambiente terrestre, os fuzileiros operam mais em ambiente aquatico e a partir do meios aquáticos, de botes zebro em rios a estar embarcado em grandes navios no oceano.
Ramo militar: O CTOE por ser do exército tem recebido equipamento moderno, os fuzileiros por serem da Marinha não tem recebido material moderno.
O CTOE é uma Força de Operações Especiais, organizada em pequenas equipas. Os Fuzileiros possuem uma unidade de Operações Especiais que é o DAE, mas possuem outras unidades, de assalto que são as Forças de Fuzileiros, e especializadas como as equipas de abordagem ou o pessoal dos botes e lanchas.
CTOE
Corpo de Fuzileiros