Boa tarde anónimo, realmente há aqui várias confusões, mas ninguém têm que levar a mal, pois ninguém sabe tudo, e perguntando é que se aprende

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Aqui vamos.
Um pequeno pormenor, mas fica para informação futura, cadetes só existem na Academia, é um posto de aluno, no fim do curso passam a Alferes e é nesse posto que saiem para o serviço, não se diz destacamento (pelo menos na Força Aérea essa palavra significa algo temporário) diz-se colocação, "o Capitão Silva está colocado na base aérea 6".
As unidades da Força Aérea são muito mais do que essas, essas bases são sim as unidades operacionais principais, mas há mais, operacionais, logísticas, de instrução, etc.
Pode pesquisar a estrutura da Força Aérea no site
https://www.emfa.pt/Não sei em particular como funciona a Academia e os engenheiros, mas de um forma geral a Força Aérea funciona por mérito, pode escolher das necessidades da Força Aérea e consoante a sua posição no curso, se forem 5 engenheiros a acabarem o curso, são apresentados 5 colocações (pode acontecer querer um local mas não aparecer, pois a Força Aérea pode não precisar de um engenheiro nesse sítio), o melhor escolhe, depois o 2° melhor, por aí abaixo, o último fica com o lugar que sobrar.
Disse que não sei dos engenheiros em particular pois podem ter especificações que eu desconheço, podem ter que ir todos obrigatoriamente para uma Direcção Técnica um certo tempo, ter que fazer formações extra em algum local, se forem para a parte da aviação podem ter que ir fazer essas formações à Airbus, Lockheed Martin, etc, consoante o que a Força Aérea precisa que façam.
Os engenheiros por norma não estão nas bases aéreas, estão mais na gestão técnica no Estado-Maior, mas pode existir um ou outro.