Obrigado pelas respostas. Certo que a lei tem espírito e letra, mas na vertente fiscal tem ainda a toda poderosa "interpretação" (ou interpretações) da AT... e, em um caso destes, ninguém individualmente irá a tribunal...
Mas é daqueles casos onde é discutível se a exigência do CAE é correcta ou apenas uma interpretação burocrática restritiva - a percentagem de piscinas com CAE "saúde" irá sempre ser quase nula... e natação é em piscinas e é uma terapia justificada.
De notar que no e-factura nunca houve "sinal" de aviso, no meu caso particular... mas em 2018 já não vou colocar.
Caro LM, não desista já.
Aconselho-o a fazer um pedido de esclarecimento, por escrito, dirigido ao Chefe de Finanças da sua Repartição de Finanças. Este se entender que está acima da sua competência, pode passar para a Direcção Distrital e até pode chegar ao Director-Geral (duvido que seja este o caso).
Esse pedido de esclarecimentos é vinculativo e pode seguir à risca o que ele referir, mesmo que apareça um funcionário da AT que não concorde. Este pedido de esclarecimentos pode ser feito num balcão da sua repartição de Finanças ou pode fazer pela internet. Pela Internet, ao entrar no portal da AT, navegue por estas opções: Os Seus Serviços > Entregar > Pedido > Informação Vinculativa (Entrega de Pedido de Informação Vinculativa).
Este pedido não tem qualquer custo nem tem nada a perder e fica completamente esclarecido (Os juristas e especialistas da AT vão ter de investigar e pronunciar-se) e dessa forma dissipa qualquer dúvida.
Aconselho a fazer isso. Normalmente eu costumo fazer mais reclamações graciosas

Umas vezes ganho, outras perco, mas fico de consciência tranquila.
Pedidos de esclarecimentos só fiz 2 e a resposta não demora demasiado.
Se precisar de ajuda, diga. Não esqueça de fundamentar muito bem o seu caso, e documento com os comprovativos médicos e se possível o historial, para comprovar que é de um acto médico que se trata.
Abraço